معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه علوم پزشكی ایلام، مسئولیت مدیریت، برنامه ریزی و نظارت بر امور حوزه پژوهش دانشگاه را بر عهده دارد. هدایت فعالیت های پژوهشی دانشگاه و حمایت از فعالیت های پژوهشی اساتید، محققان، دانشجویان، كاركنان بخشی از اهداف این معاونت است.
 

1. برنامه ریزی در جهت بسط و گسترش  فعالیتهای پژوهشی و فناوری مراکز تحقیقاتی و دانشکده ها 
2 . برنامه ریزی در جهت پژوهش¬های مشترک با سایر مراکز تحقیقاتی و دانشگاه¬های کشور
3. برنامه ریزی درجهت ایجاد بستر مناسب فعالیت¬های تحقیقاتی مشترک با مراکز صنعتی و دستگاه¬های اجرایی استان
4. برنامه ریزی درجهت جلب فعالیتهای مشترک تحقیقاتی با مراکز دانشگاهی و محققان ایرانی و خارجی خارج از کشور
5. برگزاری سمینارها ، کارگاه¬ها و کنفرانس¬های علمی با همکاری و هماهنگی دانشکده¬ها و مراکز تحقیقاتی در جهت توانمندسازی اساتید، دانشجویان و سایر محققین دانشگاه
6. برنامه ریزی در جهت تقویت هر چه بیشتر پژوهش¬های دانشجویی در قالب کمیته¬های تحقیقات دانشجویی 
7. برنامه ریزی جهت شرکت اعضاء هیئت علمی، دانشجویان و سایر محققین دانشگاه در مجامع علمی داخل و خارج کشور 
8. برنامه ریزی در جهت تهیه وتنظیم طرح¬های پژوهشی و فناوری اعضاء هیئت علمی، دانشجویان و سایر محققین دانشگاه با همکاری معاونت¬های پژوهشی دانشکده¬ها و مراکز تحقیقاتی 
9. برنامه ریزی در جهت نظارت، توسعه، بسط و گسترش مراکز تحقیقاتی و پشتیبانی سخت افزاری و نرم افزاری از مراکز تحقیقاتی وابسته
10. برنامه ریزی در خصوص به روز بودن حوزه های IT و فناوری معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه
11. تنظیم و برآورد بودجه معاونت تحقیقات و فناوری
12. برنامه ریزی در جهت نظارت و توسعه بخش کتب و نشریات معاونت و تلاش در جهت نمایه شدن مجلات دانشگاه در پایگاه¬های استنادی معتبر