معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه علوم پزشكی ایلام، در مهرماه سال 1390 با جدایی از معاونت آموزشی دانشگاه علوم پزشكی ایلام، شروع بکار کرد. و اکنون یكی از هشت معاونت دانشگاه است كه زیر نظر ریاست دانشگاه فعالیت می كند و مسئولیت مدیریت، برنامه ریزی و نظارت بر امور حوزه پژوهش دانشگاه را بر عهده دارد. هدایت فعالیت های پژوهشی دانشگاه و حمایت از فعالیت های پژوهشی اساتید، محققان، دانشجویان، كاركنان بخشی از فعالیت های این معاونت است.
این معاونت،6 مرکز تحقيقاتی در حيطه های تخصصی گوناگون و 5 کتابخانه را در زير مجموعه خود دارد. دانشكده های مختلف نيز از طريق معاونين پژوهشی منتصب از سوی رؤسای دانشكده ها فعاليت های تحقيقاتی خود را تحت نظارت اين معاونت اجرا می نمايند.